>
Fa   |   Ar   |   En
   مقایسه و آنالیز بیوانفورماتیکی ژنوم کامل کلروپلاستی سه رقم توت فرنگی f.vesca, f.virginiana, f.chiloensis  
   
نویسنده طلعت فرشید ,غفاری نسا ,فجری ابوالحسن ,بدری انرجان مهدی
منبع زيست شناسي گياهي ايران - 1398 - دوره : 11 - شماره : 40 - صفحه:63 -76
چکیده    توت فرنگی از جنس فراگاریا (fragaria) و خانواده رزاسه (rosaceae) میباشد. امروزه از گونه‌های شیلنسیس (chiloensis)، ویرجینیا (virginiana) و هیبرید‌ بین این د‌و یعنی آناناس (ananasae) استفاد‌ه زراعی می‌شود. این گیاه علفی چندساله دارای یک ژنوم کوچک متمایل به انتقال ژن توت فرنگی کشت شده fragaria ananasae و دیگر گیاهان مهم اقتصادی از خانواده گل سرخیان است. این تحقیق برای مطالعه و مقایسه توالی کامل کلروپلاستی، آنالیز ساختار ژنومی، سازماندهی و محتوای ژن، توالیهای تکراری و تمایل کدونی توت فرنگی جنگلی با دو رقم اکناپلوئید کشت شده f.chiloensis وf.virginiana انجام شد. ژنوم کلروپلاستی f.vesca دارای ساختمان حفاظت‌شده چهار قسمتی با 155691 جفت‌باز طول می‌باشد. منطقه تکرار کپی کوچک بوسیله دو منطقه تکرار معکوس جدا شده، طول منطقه تک نسخه‌ای بزرگ 85561، منطقه تک نسخه‌ای کوچک 20204 و مناطق تکرار معکوس هر دو دارای طولی معادل 24963 جفت‌باز بودند. ژنوم کلروپلاستی دارای 130 ژن بوده که 18 ژن در منطقه تکرار معکوس قرار دارند، همچنین در میان این ژن‌ها هشت ژن rrna ، 37 ژن trna و 85 ژن کد کننده پروتئین وجود داشت. در میان تمام ژن‌های پلاستیدی تنها 18 ژن به نظر می‌رسد دارای 21 اینترون هستند و زمانیکه با dna کلروپلاستی دو رقم اکتاپلوئید مقایسه می‌شود، ژن rps18 تنها ژن مضاعف شده و ژن‌های rps 12 ,rpl 2 ,trn igau ژن‌هایی هستندکه در منطقه تکرار معکوس وجود دارند. با وجود سطح بالایی از حفاظت از نشانگر ssr ها در ژنوم کلروپلاستی، در تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی با توجه به بهره‌وری بیشتر خود نسبت به ssrهای ژنومی مفیدترمیباشند
کلیدواژه آنالیز ساختاری، بیوانفورماتیک، کلروپلاست توت فرنگی، ژنوم
آدرس سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی آذربایجان غربی, بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی, ایران, موسسه آموزش عالی صبا, دانشکده کشاورزی, گروه علوم باغبانی, ایران, موسسه آموزش عالی صبا, دانشکده کشاورزی, گروه باغبانی, ایران, دانشگاه ارومیه, دانشکده کشاورزی, گروه زراعت و اصلاح نباتات, ایران
 
 

Copyright 2015
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved