>
Fa   |   Ar   |   En
   بررسی خصوصیات دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین-آزاپروپازون در پروتئین آلبومین سرم انسانی  
   
نویسنده ساعی نیا امیرحسین ,تقی زاده محمد ,علوی مهدی
منبع انفورماتيك سلامت و زيست پزشكي - 1398 - دوره : 6 - شماره : 3 - صفحه:255 -263
چکیده    مقدمه: آلبومین سرم انسانی یکی از مهم‌ترین پروتئین‌های خون است که توانایی اتصال به گستره زیادی از مواد مختلف و داروهای مختلفی مانند وارفارین را دارد؛ بنابراین شناخت سرم آلبومین در مطالعات دارویی نقش بسیار مهمی دارد. در این پژوهش به مطالعه دینامیک باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال وارفارین سرم آلبومین پرداخته شد.روش: ابتدا ساختار 3 بعدی آلبومین (pdb id:4g04) از پایگاه داده rcsb دریافت شد. سپس به کمک بسته نرم‌افزاری گرومکس شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مدت 30 نانوثانیه بر روی زنجیره آی این ساختار کریستالوگرافی انجام شد.نتایج: با استفاده از آنالیز rmsd که بر روی باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال انجام شد، مشاهده شد که 2 باقی‌مانده آرژینین 186 و 218 دارای تغییرات rmsd زیادی هستند، 2 باقی‌مانده لیزین 185 و 190 تقریباً دارای تغییرات زیادی هستند؛ ولی از آرژینین‌ها کمتر است و باقی‌مانده‌های دیگر مانند گلیسین 189 دارای تغییرات بسیار کمی هستند. تغییرات rmsd باقی‌مانده‌ها با سطح در دسترس حلال رابطه مستقیم دارد.نتیجه‌گیری: نتایج به دست آمده نشان داد که جایگاه اتصال وارفارین در آلبومین می‌تواند وضعیت‌های کنفورماسیونی متنوعی با توجه به دینامیک باقی‌مانده‌های خود بگیرد. این مسئله می‌تواند در طراحی دارو بسیار مهم باشد. در کل بر اساس نتایج، باقی‌مانده‌ها به 3 دسته تقسیم شدند. از میان آن‌ها تریپتوفان 214 که بر اساس مقالات مختلف یکی از مهم‌ترین باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال به حساب می‌آید جزء کم تحرک‌ترین باقی‌مانده‌های جایگاه اتصال دسته‌بندی شد.
کلیدواژه آلبومین سرم انسانی، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، جایگاه اتصال سادلو I، آزاپروپازون، آر ام اس دی
آدرس دانشگاه آزاد اسلامی علوم پزشکی تهران, دانشکده پیراپزشکی, گروه علوم آزمایشگاهی, ایران, دانشگاه آزاد اسلامی علوم پزشکی تهران, دانشکده علوم و فناوری‌های نوین, گروه بیوتکنولوژی میکروبی, ایران, پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست‌فناوری, گروه بیوتکنولوژی کشاورزی, ایران
 
 

Copyright 2023
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved